Сезон 3

Пока Нейтан и Дюк, забыв о своих разногласиях, пытаются найти Одри, в городе появляется человек, чьи беды заключаются в одержимости инопланетными захватчиками.

Голые варвары бродят по улицам Хейвена, и пока Нейтан и Одри пытаются выяснить, кто они и откуда, Дюк уговаривает Винса и Дейва разрешить просмотреть ему архив газеты, чтобы понять, кто такой этот загадочный «Охотник» и как он связан с Одри.

Расследование странного убийства приводит бостонского полицейского в Хейвен, где убийства продолжаются. Все жертвы связаны кровным родством.

Одри и Нейтан расследуют непонятные смерти, связанные с водой. В расследовании им помогает Дюк, что не радует Нейтана. Нейтан узнаёт о таинственной организации «Стражи», а Одри начинает вспоминать некоторые моменты своей прошлой жизни.

Странная девушка в белом платье вершит суд по принципу «око за око». Одри пытается вспомнить прошлое с помощью Клэр.

В вечер Хэллоуина девушка теряет своего парня в известном каждому в Хейвене «доме с привидениями», она просит Одри о помощи. Одри и её друзья отправляются туда, но обнаруживают, что попали в ловушку к некой злой и невидимой силе.

В Хейвене происходит череда странных смертей и воскрешений. Одри и Дюк едут в Колорадо, чтобы найти Джеймса Когана. Нейтан раскрывает убийцу с крепёжным пистолетом и тот убивает Нейтана.

У Одри есть только один шанс воскресить Нейтана — разбудить чужую беду.

Дюк попадает в прошлое и встречает своего деда. Нейтан попадает в прошлое и встречает Сару. Из-за изменений в прошлом в Хейвене по эффекту бабочки изменяется настоящее — и отнюдь не к лучшему. Нейтан и Дюк должны направить события в прошлом по нужному руслу, чтобы вернуться в свой, «нормальный» Хейвен. Сара помогает им в этом.

В Хейвене появляется девочками с могущественными Бедами, и «Стражи» пытаются заполучить её, чтобы использовать для воздействия на Нейтана, а через него и на Одри.

Однажды утром Одри просыпается и обнаруживает, что Хейвен пустынен, а все его жители спят. Все, кроме одного.

После того как Одри выясняет настоящую личность Коженосца, они вместе с Нейтаном начинают расследование двух загадочных смертей, произошедших на вечере встреч выпускников. Дюку выпадает второй шанс, а Дэйв заключает сделку, чтобы узнать новую информацию об Амбаре.

Метеоритный дождь обрушивается на Хейвен, и Одри должна сделать невозможный выбор: остаться в амбаре и исчезнуть на 28 лет, позволить разрушить город или убить своего сына, чтобы остановить беды навсегда. Арла и Джеймс воссоединяются, а Винс и Дэйв серьёзно ссорятся.