Сезон 1

Нагатэ, всю жизнь проживший в изоляции, вынужден приспосабливаться к жизни в многовековой космической колонии, одновременно обучаясь на пилота-кадета для борьбы с древней угрозой.

Нагатэ преследуют воспоминания о его первом боевом опыте против Гауны. Позже он знакомится с элитными пилотами Сидонии.

Исследуя Сидонию, Нагатэ наживает себе врага в лице Кунато, защищая при этом друга. Гауна атакуют, заставляя пилотов начать боевые действия.

После катастрофы на борту Сидонии Нагатэ и его команда получают приказ достать ценное оружие. Впоследствии он нарушает приказ, чтобы спасти друга.

У Нагатэ и Сидзуки, дрейфующих в космосе, постепенно заканчиваются припасы, и они ожидают спасения от улетающей Сидонии, которая находится слишком далеко, чтобы прислать помощь.

Нагатэ и его отряд получают квалификацию пилотов и вскоре отправляются в бой, когда враг возвращается; Кунато изучает историю Нагатэ.

Враг оказывается еще крупнее и смертоноснее, чем считалось ранее, в результате чего три отряда вступают в смертельную схватку.

Нагатэ винят в поражении, и он испытывает чувство вины из-за потери; раскрываются ранние годы Сидонии.

Гауна находят ужасающий способ деморализовать и перебить атакующие войска. Нагатэ возвращается в Сидонию с трофеем, который может помочь в этом сражении.

Пацифисты подвергают себя опасности, покидая относительно безопасную Сидонию, в то время как враг появляется больше и свирепее, чем раньше.

Большая ударная группа сталкивается с вражеским подразделением, которое застает их врасплох; Нагатэ делает все возможное, чтобы защитить своих друзей.

Нагатэ вступает в одиночный бой с сердцем врага, в то время как ударная группа терпит неудачу в атаке на Гауна.